過去兩周，中國大幅增加了最近提交的序列（定義為2022年11月1日之后）數(shù)量。在1周內(nèi)提交給GISAID的文件如下：

最近的增長約為10倍?？紤]到中國人口眾多，與美國、英國、日本等高強度測序國家相比，中國提交的序列數(shù)量仍比人口少10倍左右?，F(xiàn)在，幾乎所有省份都提交了申請，盡管北京和上海等主要城市的申請人數(shù)明顯過多。

自2022年12月1日以來采集的6.4k個樣本中的主要譜系如下：

其余大部分由沒有明顯社區(qū)流通的進口集群組成，通常由檢疫機構(gòu)報告。在世界其他地區(qū)，在中國集群還沒有發(fā)現(xiàn)像BA2.75*或XBB*這樣的優(yōu)勢譜系存在——盡管考慮到序列數(shù)量有限，這也不排除。

與這種病毒的正常情況一樣，在中國流通的譜系中出現(xiàn)了額外的Spike突變，但觀察到的突變并不未知是否發(fā)生在BA.5主干中。到目前為止，還沒有證據(jù)表明在一個譜系中同時出現(xiàn)了許多Spike突變。

來自中國旅行者的序列

在過去的兩周里，大約400多個被注釋為來自中國旅行者的序列被上傳到GISAID，特別是日本和韓國的實驗室。

這些序列與中國本身發(fā)布的數(shù)據(jù)一致。偶爾出現(xiàn)的非中國特征譜系可以解釋為在華人社區(qū)傳播之外獲得的，例如酒店/飛機上的另一個旅行者的感染。

盡管注釋為來自旅行者的少量序列意味著高達(dá)1%的低水平循環(huán)，特別是在旅行者不經(jīng)常訪問的地區(qū)，可能會在一段時間內(nèi)逃避檢測。

不幸的是，只有少數(shù)實驗室用旅行歷史（通?？梢允褂藐P(guān)鍵字搜索）注釋他們的序列，特別是以下內(nèi)容：travel

日本國立傳染病研究所與機場檢疫站合作（在序列名稱中包含使得查詢和分析旅行者的序列變得特別容易，如果被其他實驗室采用，這種做法將有所幫助）IC韓國疾病預(yù)防控制院新加坡國家公共衛(wèi)生實驗室加州公共衛(wèi)生部與機場抗原 COVIDNet 項目銀杏生物工廠作為美國機場篩查的一部分（可通過和travelertraveller加拿大魁北克公共健康實驗室（不幸的是沒有原產(chǎn)國注釋）奧斯佩代爾迪馬戲團，瓦雷澤，意大利法國塞爾巴實驗室印度洛克納亞克醫(yī)院基因組測序?qū)嶒炇野突固挂了固m堡國立衛(wèi)生研究院病毒學(xué)系醫(yī)學(xué)研究所病毒學(xué)系，斯里蘭卡科倫坡第八區(qū)

這是一個可以提高監(jiān)測效率的領(lǐng)域。

通過中國境外的數(shù)據(jù)深入了解中國的病例數(shù)

鑒于上述5個譜系在中國以外不存在或非常罕見，直到最近的浪潮，這些譜系可以作為中國整體流通的有用獨立指標(biāo)。然而，重要的是，進口數(shù)量不僅取決于中國的發(fā)病率，還特別取決于旅行量和入境檢測和檢疫政策。

具有最多特征譜系序列的國家在這里最有用，如日本、韓國、新加坡和美國，已經(jīng)對5個特征譜系進行了不同比例的測序，并在12月下半月達(dá)到峰值- 與中國的官方報告一致。

收斂的XBB.1.5類譜系

在美國，即使在新英格蘭，XBB.1.5也在繼續(xù)上升，在1 月中旬收集的樣本中，這一比例已經(jīng)超過50%。目前尚不清楚它是否會一路橫掃，還是與其他譜系共存，其顯著水平高于10%。倍增時間仍在10天左右。

雖然XBB.1.5可能是最突出的快速增長的XBB譜系，但它并不是唯一的：XBB樹中有多個收斂的XBB.1.5樣譜系，它們獨立獲得了S：486P基因型。考慮到由常見核苷酸突變產(chǎn)生的單氨基酸取代S：S486P所帶來的巨大適應(yīng)性優(yōu)勢，這并不奇怪。除了其他差異外，這些譜系預(yù)計與XBB.1.5類似。T->C

作為參考，目前Pango指定的類似XBB.1.5的譜系是（在1月中旬收集的所有序列中大致占比）：

XBB.1.5（在美國最常見，尤其是新英格蘭）XBB.1.9.1（最常見于南亞和東南亞）XBB.1.9.2（最常見于東南亞）XBB.1.11.1（最常見于南亞和東南亞0.1-5%）XBB.2.3（在印度最常見）XBB.2.4（在西班牙最常見）XBB.6.1（在美國最常見）

有跡象表明，類似XBB.1.5的譜系在印度、印度尼西亞和馬來西亞接近或已經(jīng)占主導(dǎo)地位，盡管每周少于100個序列，現(xiàn)在確定還為時過早。鑒于XBB在這些國家比在美國更常見，一些類似XBB.1.5的譜系可能在美國之前出現(xiàn)并傳播到那里并不是沒有道理的。

類似XBB.1.5譜系的covSpectrum集合可以在這里找到：https://cov-spectrum.org/collections/141

不同的譜系可能會在不同的地區(qū)占主導(dǎo)地位。盡管這可能只是一個命名問題，因為功能行為預(yù)計非常相似。

在世界其他地區(qū)，除中國外，類似XBB.1.5的譜系顯示出與美國相似的增長優(yōu)勢，盡管不確定性很高，因為來自美國以外的序列的比例和數(shù)量仍然要小得多。看看XBB.1.5在中國的表現(xiàn)會很有趣，因為中國的免疫學(xué)格局與世界其他地區(qū)大不相同。到目前為止，中國還沒有出現(xiàn)類似XBB.1.5譜系的群落傳播跡象- 盡管相對于其龐大的種群而言，序列數(shù)量相對較少，因此不可能排除這種情況。

潛在有益的尖峰突變

目前尚不清楚病毒下一步將向哪個方向變異，與目前的變種相比，什么樣的Spike突變或突變組合最終將提供最大的適應(yīng)性增長。

Jesse Bloom的免疫逃逸和ACE2結(jié)合計算器有助于早期識別一些趨勢，例如S：346T提供的有益免疫逃逸或S：486P與S：2S相比強烈增加ACE486結(jié)合的事實。

使用計算器尋找下一個有益的Spike突變并非沒有道理。然而，重要的是要注意，計算器假設(shè)突變直接發(fā)生在BA.2上，而不存在當(dāng)前變體經(jīng)常獲得的許多其他RBD突變（如346T，356T，444T，486V/S/P，490S）。突變越多，預(yù)測正確的可能性就越小。S：N460K證明了突變之間的相互作用（上位），Bloom計算器預(yù)測它沒有很大的益處，但已經(jīng)發(fā)現(xiàn)在所有當(dāng)前的變體中出現(xiàn)，強烈表明它確實提供了很大的益處，至少與其他突變相結(jié)合。

考慮到這些局限性，目前有三種突變被預(yù)測是有益的，并且在實踐中也很常見：

Bloom實驗室預(yù)測對免疫逃逸或ACE2結(jié)合有益（局限性：BA.2骨架上的突變，效果不一定與其他已經(jīng)獲得的RBD突變相加，但至少有時仍然正確，參見486P，反例460K比數(shù)據(jù)表明的更有益，還有一些突變預(yù)測是有益的，但直到現(xiàn)在仍然沒有發(fā)生或沒有發(fā)生）：

如果添加到BA.348中，預(yù)計S：A2S將顯著增加免疫逃逸，但是鑒于它與S：346T非常接近，除了S：346T已經(jīng)影響之外，它可能不提供任何逃逸。S：A348SS是DM.1的定義突變，并且在許多其他譜系中也觀察到。目前，它似乎并沒有提供很大的增長優(yōu)勢。預(yù)計S：Y453F將顯著增強ACE2結(jié)合，然而，這是否與其他突變（如493逆轉(zhuǎn)）一起存在尚不清楚。S：Y453F自2020年底以來一直沒有被廣泛看到。眾所周知，這是一種在水貂種群中反復(fù)出現(xiàn)的突變。它是最近指定的Pango譜系DN.1.1.1（BQ.1.1.5.1.1.1）的定義突變。S：R403K是另一種突變，預(yù)測對ACE2結(jié)合有積極影響。它是DS.2（BN.1.1.3.1.1）的490個定義突變之一，除了S：F2S，預(yù)計會降低ACE<>結(jié)合。因此，這種組合可能是成功的組合。

如果有一個突變可以在BA.5或BA.2.75中提供大的有益效果，那么它現(xiàn)在可能會變得普遍，正如XBB所見，它迅速多次獨立地獲得了有益的486P。然而，有益的組合需要更長的時間來發(fā)展，也更難預(yù)測。